Ο «Φάκελος της Κύπρου» έχει σοβαρά κενά, τόσο σε ό,τι αφορά την ποιότητα όσο και την ποσότητα. Ο αναπληρωτής καθηγητής Ιστορίας του Πανεπιστημίου Κύπρου και μέλος της επιτροπής εμπειρογνωμόνων της κυπριακής Βουλής για τον «Φάκελο της Κύπρου» Πέτρος Παπαπολυβίου τονίζει στην εφημερίδα «Ο Φιλελεύθερος» ότι τα κυπριακά αρχεία στην Ελλάδα και στην Κύπρο «έχουν υποστεί παρεμβάσεις και αφαιρέσεις, πέραν από τις συνήθεις ανά τον κόσμο “εθνικές προστασίες”, ενώ ειδικά οι υποκειμενικές προσωπικές καταθέσεις είναι σε πολλά σημεία εμφανέστατα αναληθείς». Εκτιμά, πάντως, ότι αυτό δεν μειώνει την ιστορική σημασία του συνόλου του υλικού και της (πρόσφατης) παράδοσης στη Βουλή της Κύπρου του αντιγράφου του πρωτότυπου αρχείου του «Φακέλου της Κύπρου» από τη Βουλή των Ελλήνων.
Ο κ. Παπαπολυβίου αναφέρει ότι η παράδοση του αρχειακού υλικού της ελληνικής Βουλής έχει τεράστια εθνική σημασία. Σαράντα τρία χρόνια μετά το πραξικόπημα και την τουρκική εισβολή, στην Αθήνα, σημειώνει, «επικράτησε επιτέλους η λογική ότι με το να διατηρούνται κλειστά τα αρχεία για το Κυπριακό δεν εξυπηρετείται ούτε η ιστορική αλήθεια ούτε το εθνικό συμφέρον ούτε η δημοκρατία». Από μια άλλη πλευρά, τα κλειστά αρχεία για το Κυπριακό, προσθέτει, «αποτελούν ασέβεια και προσβολή σε αυτούς που έχασαν τη ζωή τους πολεμώντας το καλοκαίρι του 1974, Κυπρίους και Ελλαδίτες, προασπίζοντας την ελευθερία και την ανεξαρτησία της Κύπρου».
Το δεύτερο τμήμα του «Φακέλου», για το οποίο λέει ότι υπάρχει η δέσμευση ότι θα παραδοθεί εντός των επόμενων μηνών, αναμένεται ότι θα περιέχει το συμπληρωματικό υλικό και φακέλους που συγκεντρώθηκαν στα μέσα της δεκαετίας του ’80 από υπηρεσίες και υπουργεία, κυρίως στρατιωτικής προέλευσης. Σύμφωνα με τον Κύπριο καθηγητή, «είναι αδύνατο χωρίς αυτό το αρχείο να γραφτεί η ελληνική στρατιωτική ιστορία για το πραξικόπημα και την τουρκική εισβολή στην Κύπρο το 1974».
