Μια εξαιρετικά αυστηρή στην ερμηνεία της χρήση της νομοθεσίας περί παραγραφής των φορολογικών υποθέσεων χρησιμοποιεί η φορολογική διοίκηση. Βασιζόμενη σε γνωμοδότηση του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους επεκτείνει την παραγραφή των φορολογικών υποθέσεων από την 5ετία στην 15ετία για τις περιπτώσεις εκπρόθεσμης υποβολής φορολογικής δήλωσης, εξισώνοντας νομικά την εκπρόθεσμη υποβολή με τη μη υποβολή της δήλωσης. Έτσι ακόμη και για μια ημέρα να χάσει ένας φορολογούμενος την προθεσμία υποβολής της φορολογικής δήλωσης τότε η προθεσμία για την παραγραφή της φορολογικής του υπόθεσης επεκτείνεται αυτόματα από τα 5 στα 15 έτη. Αυτό προκύπτει από γνωμοδότηση του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους στην οποία βασίστηκε η Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών και απέρριψε τρεις ενδικοφανείς προσφυγές που είχαν καταθέσει ισάριθμοι φορολογούμενοι.
Οι φορολογούμενοι με τις ενδικοφανείς προσφυγές τους ζήτησαν από τη Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών να διαγραφούν πρόστιμα τα οποία τους είχαν επιβληθεί για φορολογικές παραβάσεις παρά το γεγονός ότι είχαν υποβάλλει εκπρόθεσμα φορολογικές δηλώσεις. Οι φορολογούμενοι επικαλέστηκαν το 5ετές όριο παραγραφής που ισχύει για τις φορολογικές υποθέσεις ενώ η Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών επικαλέστηκε την 15ετή παραγραφή στις περιπτώσεις που δεν έχει υποβληθεί φορολογική δήλωση. Επί της ουσίας η ΔΕΔ εφαρμόζει γνωμοδότηση του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους, σύμφωνα με την οποία η μη εμπρόθεσμη υποβολή φορολογικής δήλωσης ισούται νομικά με τη μη υποβολή δήλωσης.
Μια από τις υποθέσεις, η πιο χαρακτηριστική, αφορά ανώνυμη εταιρεία που υπέβαλε δήλωση φορολογίας εισοδήματος για τη διαχειριστική περίοδο 2000 (οικονομικό έτος 2001) εκπρόθεσμα στις 20 Ιουλίου 2001, ενώ για τα οικονομικά έτη 2002, 2003 και 2004 υπέβαλε δηλώσεις στις 30 Αυγούστου 2004. Η ΔΕΔ αποφάνθη ότι “εφόσον η εν λόγω ανώνυμη εταιρεία υπέβαλε εκπρόθεσμες δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος για τα οικονομικά έτη 2001, 2002, 2003 και 2004, έχουν εφαρμογή οι διατάξεις της παρ. 5 του άρθρου 84 του ΚΦΕ περί δεκαπενταετούς παραγραφής σε περίπτωση μη υποβολής δήλωσης, η οποία αρχίζει από τη λήξη της προθεσμίας υποβολής κάθε δήλωσης, χωρίς να επηρεάζει η μεταγενέστερη υποβολή της εκπρόθεσμα…”
Θα πρέπει να σημειωθεί, ωστόσο, ότι οι σχετικές αποφάσεις της φορολογικής διοίκησης αμφισβητούνται και φορολογούμενοι έχουν προσφύγει στα διοικητικά δικαστήρια προκειμένου να τις ανατρέψουν
