Ο Κολοκοτρώνης υπήρξε ένας εκ των σπουδαιοτέρων απελευθερωτών του έθνους. Ωστόσο μετά την επανάσταση συνέβησαν ορισμένα γεγονότα που οδήγησαν σε μία σκληρή και άδικη απόφαση.
Παρά τα ρωσόφιλά του αισθήματά ο Κολοκοτρώνης πάντα πίστευε πως οι Έλληνες έχουν χρέος να πολεμήσουν μόνοι τους για την Ανεξαρτησία τους χωρίς τη βοήθεια των ξένων.
Αντιμετώπιζε με δυσπιστία την ανάμειξή των ξένων στις εσωτερικές υποθέσεις της Ελλάδος, θεωρώντας πως γινόταν πρώτιστα για την εξυπηρέτηση τα ιδικών τους συμφερόντων. Από την άλλη πλευρά, εμφορούμενος από μεγάλη μεγαλοψυχία, συγχώρησε τους εχθρούς του, ακόμα και εκείνους που ευθύνονταν για το θάνατο συγγενών του και του γιου του.
Με την έλευση του Καποδίστρια ο Κολοκοτρώνης τάχθηκε ένθερμα υπέρ της πολιτικής του αν και διαφωνούσε με τον αυταρχικό τρόπο της εφαρμογής της. Επίσης πρωτοστάτησε στα γεγονότα για την εκλογή του Όθωνα. Με την έλευση όμως του τελευταίου (30-1-1832) έγινε στόχος συκοφαντιών και ραδιουργιών εκ μέρους των πολιτικών του αντιπάλων με προεξάρχοντα τον Ιωάννη Κωλέττη και αντιμετωπίστηκε με ψυχρότητα από τους Βαυαρούς που δεν μπορούσαν να του συγχωρήσουν τη φιλοκαποδιστριακή του τοποθέτηση. Η σκευωρία που εξυφάνθη εναντίον του κατέληξε τελικά στο να κατηγορηθεί για εσχάτη προδοσία και να συλληφθεί στις 6 Σεπτεμβρίου 1833 μαζί με τον Πλαπούτα, το γιο του Γενναίο, τον Τζαβέλα, τον Νικηταρά και άλλους στρατιωτικούς με την κατηγορία ότι ετοίμαζαν συνομωσία εναντίον του ανήλικου βασιλιά Όθωνα και της κυβέρνησης.
Η δίκη άρχισε στις 30 Απριλίου 1834 και διήρκεσε μέχρι τις 26 Μαΐου του ιδίου έτους. Διεξήχθη στο τουρκικό τζαμί του Ναυπλίου. Την εισαγγελική έδρα είχε ο Εδουάρδος Μάσον, «ο εμπαθής εκείνος πολέμιος», όπως γράφει ο ιστορικός Μέντελσον, «της ρωσικής μερίδος και του Κολοκοτρώνη, υπερασπισθείς τον φονιά του Καποδίστρια Γεώργιο Μαυρομιχάλη». Σκωτσέζος, νομικός, θεολόγος και φιλόσοφος, είχε έλθει το 1824 στην Ελλάδα με την ιδιότητα του φιλέλληνα.
Δεν είχε σπουδαία δράση κατά τον Αγώνα, μετά την απελευθέρωση δε άρχισε να δικηγορεί, έως ότου ο Όθωνας τον διόρισε καθηγητή της ιστορίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Αναμίχθηκε στις εσωτερικές μας διενέξεις και υπηρέτησε, ουσιαστικά, την αγγλική πολιτική. Το πάθος, με το οποίο υπερασπίσθηκε το Μαυρομιχάλη και το μένος με το οποίο κατηγόρησε τον Κολοκοτρώνη, φανερώνουν όχι μόνον την πολιτική του τοποθέτηση, αλλά και το δισυπόστατο χαρακτήρα του. Ένας ξένος, και αυτός, που κάτω από την ηθική δικαίωση του φιλελληνισμού, αναμίχθηκε, κατά τρόπο εξοργιστικό, στις εσωτερικές υποθέσεις των Ελλήνων.
Τον κατείχε, όπως και άλλους παρεμφερείς φιλέλληνες, η εγωιστική πεποίθηση ότι οι μικρές ή μεγάλες υπηρεσίες που είχαν προσφέρει στην αγωνιζόμενη χώρα τούς έδιναν ιδιαίτερα δικαιώματα, ακόμα και το ύπατο δικαίωμα να κρίνουν επί της ζωής των επιφανέστερων ανδρών αυτού του τόπου.
Η τακτική του Μάσσον κατά το στάδιο της προανάκρισης έδειξε ότι έλειπε από τη νομική και φιλοσοφική του σκέψη η βαθύτερη έννοια της δικαιοσύνης. Προσπάθησε με διάφορα τεχνάσματα, να κατασκευάσει ψευδομάρτυρες ή να διαστρέψει τις μαρτυρικές καταθέσεις. Απέφυγε συστηματικά να αναζητήσει την αλήθεια, όση κρυβόταν κάτω από την καιροσκοπική δίωξη του Κολοκοτρώνη και διακήρυττε ότι ήταν ακλόνητα πεπεισμένος περί της ενοχής του γέρου. Όταν πήγε στη φυλακή του Ιτς Καλέ για να ανακρίνει τον εγκάθειρκτο στρατηγό και τον πίεζε επί ώρες να ομολογήσει ότι «είχε προπαρασκευάσει αποστασίαν εναντίον της κυβερνήσεως», ο Κολοκοτρώνης, με πολύ πικρή θυμοσοφία, τον αποστόμωσε, αναφέροντας την ιστορία του λύκου και της προβατίνας, του λύκου ο οποίος για να βρει δικαιολογία να φάει την προβατίνα, άρχισε να της φωνάζει: «μου θόλωσες το νερό της πηγής και δεν μπορώ να πιω».
Ανάλογους δικολαβισμούς επικαλέσθηκε ο Μάσσον και κατά τη διάρκεια της δίκης και κατά τη σύνταξη του κατηγορητηρίου. Από όλες τις δεινές κατηγορίες, καμία δεν αποδείχτηκε κατά τρόπο αδιαμφισβήτητο. Και αν ακόμη υπήρχαν κάποιες ενδείξεις, αοριστίες, κατά το πλείστον, έλλειπαν όμως τα αδιαφιλονίκητα εκείνα στοιχεία που θα θεμελίωναν την παραπομπή του Κολοκοτρώνη και του Πλαπούτα, και μάλιστα «επί εσχάτη προδοσία».
Οι 44 μάρτυρες κατηγορίας, που παρουσιάστηκαν, δεν κατέθεσαν στοιχεία που να μη μπορούν να αμφισβητηθούν. Αντιστρόφως οι 115 μάρτυρες υπεράσπισης που εξετάσθηκαν διέψευσαν τα περισσότερα σημεία της κατηγορίας. Ο δικαστής Γεώργιος Τσερτσέτης, στις μυστικές διαβουλεύσεις που έγιναν αργότερα, υποστήριξε ότι «με τέτοιες κατηγορίες δεν μπορούν να καταδικαστούν σε θάνατο ούτε δυο γάτοι».
Οι κατηγορούμενοι στρατηγοί, με απλή στολή καπετάνιου χωρίς παράσημα οδηγούνται στην αίθουσα και κάθονται στον πάγκο τους συνοδευόμενοι από όργανα τάξης και τους συνηγόρους τους. Συνήγοροι και χωροφύλακες παίρνουν κι αυτοί τις θέσεις τους. Η εμφάνιση του Κολοκοτρώνη στο εδώλιο συγκλόνισε το ακροατήριο. Όταν μάλιστα ο Γέρος, ρωτήθηκε «Τι επάγγελμα έχεις;» και έδωσε την ιστορική απάντηση «Στρατιωτικός! Κρατάω σαράντα εννιά χρόνους στο χέρι το ντουφέκι και πολεμώ για την πατρίδα!», ρίγος και δέος κατέλαβε ακόμη και τους εχθρούς του στρατηλάτη.
Η υποδοχή των λειψάνων του Κολοκοτρώνη στην Τρίπολη το 1930Επί είκοσι ημέρες παρέλαυναν προ του δικαστηρίου οι μάρτυρες και ήταν σαν να παρέλαυναν όλα τα κομματικά πάθη που είχαν έως τότε συγκλονίσει τη μαχόμενη Ελλάδα. Εκ πρώτης όψεως δικαζόταν ο Κολοκοτρώνης και ο Πλαπούτας.
Στην ουσία όμως επρόκειτο περί της δίκης ολόκληρου του φατριαστικού πνεύματος, που σαν δαίμονας αλάστωρ είχε κατακυριεύσει, διαδοχικά, κατά καιρούς, όχι μόνο τους κομματιζόμενους ηγέτες, αλλά ακόμη και τις ευγενέστερες, τις πατριωτικές καρδιές. Πίσω από την ατελείωτη αυτή σειρά των κατηγορουμένων διαγράφονταν οι άλλοι, οι μεγαλύτεροι ίσως ένοχοι, οι αρχηγοί των ξένων ανακτοβουλίων και οι μακιαβελλίσκοι της ευρωπαϊκής διπλωματίας.
Παρά τη γενναία στάση των δύο δικαστών εκ των πέντε δικαστών, Αναστάσιου Πολυζωϊδη και Γεώργιου Τερτσέτη, που μεταφέρθηκαν βιαίως και σηκωτοί(!) στην έδρα για την απαγγελία της ετυμηγορίας, ο Κολοκοτρώνης καταδικάσθηκε μαζί με τον Πλαπούτα σε θάνατο και φυλακίσθηκε στο Παλαμήδι σε ηλικία 64 ετών. Λίγο αργότερα η ποινή του μετατράπηκε σε 20ετή κάθειρξη.
