Ο τάφος της Παναγίας, γνωστός και ως Πάνσεπτο Θεομητορικό Μνήμα της Γεσθημανή, αποτελεί για τους Ορθοδόξους Χριστιανούς το τρίτο κατά σειρά σπουδαιότητας προσκύνημα. Κατά τη θρησκευτική παράδοση, η Παναγία πέθανε δέκα χρόνια μετά τη Σταύρωση του Ιησού και τάφηκε στην Ιερουσαλήμ. Στην Αγία Γεθσημανή, λοιπόν, βρίσκεται ο Ιερότατος Τάφος της Παναγίας.
Η Ιερή Παράδοση του Χριστιανισμού διδάσκει ότι η Παναγία πέθανε από φυσικό θάνατο (η Κοίμηση της Θεοτόκου), όπως ακριβώς κάθε άνθρωπος. Η ψυχή της Θεοτόκου λήφθηκε από τον Χριστό μετά το θάνατό της και το σώμα της αναστήθηκε την τρίτη ημέρα μετά από την κοίμηση. Έτσι, η Παναγία παραμένει ψυχή τε και σώματι στον ουρανό, σε αναμονή για τη γενική ανάσταση. Ο τάφος της, σύμφωνα με αυτή τη διδασκαλία, βρέθηκε άδειος την τρίτη ημέρα μετά την κοίμηση.
H Ρωμαιοκαθολική παράδοση υποστηρίζει ότι η Θεοτόκος μετέστη στον ουρανό σε σωματική μορφή, με τη θεία Ανάληψη, αλλά το ερώτημα του κατά πόσον πράγματι υπέστη τον φυσικό θάνατο παραμένει ανοιχτό στην Καθολική άποψη. Ωστόσο, οι περισσότεροι θεολόγοι πιστεύουν ότι γεύτηκε τον θάνατο πριν την Ανάληψή της.
Μια αφήγηση που είναι γνωστή ως Euthymiaca Historia (γραμμένη μάλλον από τον Κύριλλο Σκυθουπόλεως τον 5ο αι.) αναφέρει πως ο Αυτοκράτορας Μαρκιανός και η γυναίκα του Πουλχερία, ζήτησαν τα λείψανα της Παναγίας από τον Ιουβενάλιο Ιεροσολύμων, τον Πατριάρχη της Ιερουσαλήμ, ενώ βρισκόταν στο Συμβούλιο της Χαλκηδόνας (451). Σύμφωνα με τη μαρτυρία, ο Ιουβενάλιος απάντησε ότι την τρίτη ημέρα μετά την ταφή το μνήμα της Θεοτόκου ανακαλύφθηκε ότι είναι άδειο. Μονάχα το σάβανό της σώζεται στην εκκλησία της Γεθσημανή.
Σύμφωνα με μια άλλη παράδοση, στο μνήμα βρέθηκε μονάχα η Τιμία Ζώνη της Παναγίας
Περιβεβλημένη από μια αυλή στα νότια, η σταυροειδής εκκλησία που θωρακίζει τον τάφο έχει ανασκαφεί σε μια υπόγεια πετρώδη σπηλιά και στην είσοδό της βρίσκεται μια πλατιά καθοδική σκάλα που χρονολογείται από τον 12ο αιώνα. Στην αριστερή πλευρά της σκάλας υπάρχει το παρεκκλήσι του Αγίου Ιωσήφ, του συντρόφου της Μαρίας, ενώ στα δεξιά υπάρχει το παρεκκλήσι των γονέων της Παναγίας, του Ιωακείμ και της Άννας, εμπεριέχοντας, επίσης, τον τάφο της Βασίλισσας Μελισσάνθης της Ιερουσαλήμ.
Στην ανατολική πλευρά του ναού βρίσκεται το παρεκκλήσι του Τάφου της Παναγίας. Βωμοί των Ελλήνων και των Αρμενίων επίσης καταλαμβάνουν την ανατολική αψίδα. Νότια του τάφου είναι μια μιχράμπ που δείχνει την κατεύθυνση της Μέκκας, που εγκαταστάθηκε όταν οι Μουσουλμάνοι είχαν κοινά δικαιώματα στην εκκλησία. Επί του παρόντος, οι Μουσουλμάνοι δεν έχουν περισσότερα δικαιώματα ιδιοκτησίας σε αυτό τον τον Άγιο τόπο. Στη δυτική πλευρά υπάρχει επιπλέον μια Κοπτική εκκλησία.
Το Αρμενικό Πατριαρχείο της αρμενικής Αποστολικής Εκκλησίας της Ιερουσαλήμ και η ελληνική Ορθόδοξη Εκκλησία της Ιερουσαλήμ έχουν στην κατοχή τους το ιερό. Οι Σύριοι, οι Κόπτες και οι Αιθίοπες διατηρούν μειοψηφία δικαιωμάτων.
Ο σημερινός Ναός και είναι από τα παλαιότερα χτίσματα της Ιερουσαλήμ, το οποίο χτίστηκε από την Αγία Ελένη το 326μ.Χ. προς τιμήν της Κοιμήσεως Θεοτόκου. Βρίσκεται κάτω απο την επιφάνεια του εδάφους και πρέπει ο επισκέπτης να κατέβει 49 σκαλιά.
Αν και είναι μια ταπεινή κρύπτη, ωστόσο στο εσωτερικό της ανακαλύπτει κανείς μια ξεχωριστή μεγαλοπρέπεια. Καταπληκτικός παραλληλισμός με το Υπερευλογημένο πρόσωπο της Θεοτόκου.
Τέλος, η Ιερά Παράδοση αναφέρει ότι στην περιοχή της Γεσθημανής θα γίνει η θεϊκή κρίση της Β’ Παρουσίας του Κυρίου.
